Você tem uma seção que se parece com isso ...
<Files ~ "^\.ht">
Order allow,deny
Deny from all
Satisfy all
</Files>
... ou algo semelhante, em outro lugar na sua configuração?
Esta é a configuração padrão do Apache, praticamente não importa onde você a tenha. Ele é construído especificamente para quebrar o acesso a .htaccess
files; remova-o para poder trabalhar com eles no SVN.