Que tal pegar todos os pedidos de recursos e reescrevê-los de volta para como eles precisam ser?
# Existing config:
RewriteEngine on
RewriteRule ^records/view/([0-9]+)$ ./record_view.php?id=$1 [NC]
# Add:
RewriteRule ^records/view/(.*)$ ./$1 [NC]
Isso conserta recursos, mas não ajuda com links - eles precisariam ser redirecionados.
Você poderia, claro, trabalhar com mais regras, mas eu recomendaria corrigir os links. Limpar o seu HTML para trabalhar com a estrutura do seu aplicativo faz mais sentido do que hacking ao redor dele na configuração do Apache.