Você pode usar aliases IP em uma única interface sem problemas no IIS e no Windows 2008. Nas propriedades do adaptador, defina um segundo IP sob (acho) a guia Endereços IP alternativos; está lá em algum lugar, não tem Windows acessível no momento.
Você pode vincular o segundo endereço IP em um segundo site no IIS e escolher o certificado de acordo.