Sim, o alinhamento da partição swap é importante, mas não é muito importante.
As páginas de memória podem ser trocadas somente no todo. Considerando que eles podem ser 4k ou 8k na maioria dos casos (dependendo da arquitetura da CPU), é necessário certificar-se de que a partição tenha pelo menos esse tipo de alinhamento.
Com os discos atuais, é melhor se alinhar aos limites de 4 MiB. Então você nem precisa saber o tamanho das suas páginas de memória.
O sistema não deve trocar sob carga regular, então o alinhamento de troca não terá nenhuma diferença visível, se tiver algum efeito.