Sei que já faz um tempo, mas tive esse problema em um aplicativo de formulários da Web usando tabelas de bundle. Funcionou como seu próprio site e não estava sob um diretório virtual. O IIS não tinha ideia de onde obter os pacotes (como disse ShaneC).
Nas propriedades do diretório virtual - > Configuração - > Mapeamentos Inseri uma entrada curinga em "C: \ WINDOWS \ Microsoft.NET \ Framework \ v4.0.30319 \ aspnet_isapi.dll" e desmarcou a verificação de que o arquivo existe.
Isso funcionou para mim.