A classe DBcommand do Provedor do ADO.Net da Virtuoso tem um CommandTimeout propriedade, com um valor padrão de 30 segundos, conforme detalhado na documentação da classe VirtuosoCommand .
Este é o tempo limite que você está atingindo (não um Tempo Limite de Conexão).
A partir da revisão 2148, a biblioteca dotNetRDF permite que esse valor de propriedade seja definido conforme necessário.