Verifique o log de erros do Apache, ele deve fornecer o erro exato.
O mais provável é que algo esteja errado com a formatação do arquivo em si (citações bonitas? não tenho certeza se isso trará isso, mas terminações CRLF?) ou as permissões no arquivo.
Você pode verificar se os arquivos são o mesmo conteúdo exato (eles não são; pelo menos os finais de linha serão diferentes atualmente) com somas de verificação: sha1sum /path/to/.htaccess
.