Eu não acho que você pode. Se você tiver vários hosts configurados em seu server.xml, todos eles estarão vinculados ao contêiner do tomcat em execução (JVM) e você precisará reiniciar todos eles se reiniciar um.
Já faz um tempo, mas antigamente tínhamos várias instâncias individuais em execução nos nossos servidores e usamos scripts de início / parada personalizados para hospedar aplicativos individuais e sua configuração associada separadamente (pelo menos aqueles que deveriam ser separados) .
Isso ajudou a manter nossas implantações no escopo de um único contêiner, bem como nossas ações de gerenciamento. Você pode considerar fazer algo semelhante no seu caso, particularmente se você quiser ser capaz de gerenciá-los separadamente assim - na superfície, parece que faria sentido para você fazer algo semelhante.