O problema parece ser que xdg-open está mal configurado:
$ xdg-mime query default application/pdf
mendeleydesktop.desktop
De fato, se eu executar xdg-open some.pdf , ele será aberto com o Mendeley. Parece que alguns aplicativos usam xdg-open enquanto outros não.
De acordo com este , o culpado deve estar aqui:
$ cat /usr/share/applications/mimeinfo.cache | grep pdf
application/pdf=evince-previewer.desktop;gimp.desktop;evince.desktop;mendeleydesktop.desktop;
application/x-bzpdf=evince-previewer.desktop;evince.desktop;
application/x-ext-pdf=evince-previewer.desktop;evince.desktop;
application/x-gzpdf=evince-previewer.desktop;evince.desktop;
application/x-xzpdf=evince-previewer.desktop;evince.desktop;
image/pdf=display-im6.q16.desktop;display-im6.desktop;
Parece bom para mim, exceto o GIMP estar lá; tudo bem.
$ cat .config/mimeapps.list | grep pdf
application/pdf=evince.desktop;inkscape.desktop;
Parece bem também. Portanto, o problema pode estar em um arquivo de configuração específico do i3. Mas:
$ echo $XDG_CONFIG_DIRS
/etc/xdg/xdg-i3:/etc/xdg
A pasta antiga não existe e a segunda não contém nenhum arquivo .list .
Portanto, não tenho ideia de onde isso vem. Mas correndo
xdg-mime default evince.desktop application/pdf
certamente corrige isso.