Por "usando o cliente" eu suponho que você quer dizer o cliente Filezilla GUI? Isso está definido para usar o modo passivo? Se você estiver usando o modo passivo, também será necessário direcionar o cliente da linha de comando para usar o modo passivo. O cliente da linha de comandos usa o modo ativo por padrão. Digite a seguinte declaração depois de se conectar ao servidor ftp:
ftp> QUOTE PASV
Então, a conversa completa seria como
C:\> ftp ftp.mydomain.com
[enter your login and password as necessary]
ftp> QUOTE PASV
ftp> GET somefile.txt
ftp> BYE
Dê uma chance e veja se funciona para você.