Parece que os arquivos de extensão estão ausentes ou senão não podem ser lidos pelo usuário que está executando o PHP (permissões ou propriedade incorretas) ou o extensions.ini precisa ser atualizado para corresponder aos módulos que você instalou. Infelizmente, todos os modos de falha produzem o mesmo erro.
Se eles estiverem simplesmente ausentes, você precisará reinstalá-los. Eu recomendo usar o php5-extensions meta-port, mas você também pode instalá-los um por um usando:
portinstall -Rc php5-gettext [etc.]
Vejo que um dos listados é pcre.so . Eu acredito que o PCRE agora está incluído por padrão no PHP 5.3.x. Esta instalação é uma atualização de uma versão mais antiga do PHP? Nesse caso, acho que a linha pcre.so no seu extensions.ini pode ser comentada.
Por exemplo, um dos meus sistemas de teste contém atualmente:
$ php -v
PHP 5.3.3 with Suhosin-Patch (cli) (built: Nov 13 2010 19:28:38)
Copyright (c) 1997-2009 The PHP Group
Zend Engine v2.3.0, Copyright (c) 1998-2010 Zend Technologies
$ cat /usr/local/etc/php/extensions.ini
extension=filter.so
extension=session.so
extension=mbstring.so
extension=xmlwriter.so
extension=sqlite.so
extension=posix.so
extension=dom.so
extension=xmlreader.so
extension=mcrypt.so
extension=simplexml.so
extension=exif.so
extension=zlib.so
extension=tokenizer.so
extension=json.so
extension=gd.so
extension=iconv.so
extension=gettext.so
extension=readline.so
extension=xml.so
extension=bz2.so
extension=mysqli.so
extension=hash.so
extension=mysql.so
extension=ctype.so
extension=pdo.so
extension=pdo_sqlite.so
extension=pdo_mysql.so
extension=openssl.so
extension=pdf.so
... e o diretório contém:
$ ls -lA /usr/local/lib/php/20090626/
total 4672
-r--r--r-- 1 root wheel 33066 Nov 13 2010 bz2.so
-r--r--r-- 1 root wheel 20401 Nov 13 2010 ctype.so
-r--r--r-- 1 root wheel 231335 Nov 13 2010 dom.so
-r--r--r-- 1 root wheel 66043 Nov 13 2010 exif.so
-r--r--r-- 1 root wheel 48992 Nov 13 2010 filter.so
-r--r--r-- 1 root wheel 370277 Nov 13 2010 gd.so
-r--r--r-- 1 root wheel 16993 Nov 13 2010 gettext.so
-r--r--r-- 1 root wheel 170710 Nov 13 2010 hash.so
-r--r--r-- 1 root wheel 46473 Nov 13 2010 iconv.so
-r--r--r-- 1 root wheel 39465 Nov 13 2010 json.so
-r--r--r-- 1 root wheel 1972043 Nov 13 2010 mbstring.so
-r--r--r-- 1 root wheel 55648 Nov 13 2010 mcrypt.so
-r--r--r-- 1 root wheel 68010 Nov 13 2010 mysql.so
-r--r--r-- 1 root wheel 165450 Nov 13 2010 mysqli.so
-r--r--r-- 1 root wheel 144290 Jan 30 2011 openssl.so
-r--r--r-- 1 root wheel 180661 Jun 16 20:40 pdf.so
-r--r--r-- 1 root wheel 116922 Nov 13 2010 pdo.so
-r--r--r-- 1 root wheel 38100 Nov 13 2010 pdo_mysql.so
-r--r--r-- 1 root wheel 33347 Nov 13 2010 pdo_sqlite.so
-r--r--r-- 1 root wheel 40794 Nov 13 2010 posix.so
-r--r--r-- 1 root wheel 27386 Nov 13 2010 readline.so
-r--r--r-- 1 root wheel 74152 Nov 13 2010 session.so
-r--r--r-- 1 root wheel 58057 Nov 13 2010 simplexml.so
-r--r--r-- 1 root wheel 405571 Nov 13 2010 sqlite.so
-r--r--r-- 1 root wheel 19723 Nov 13 2010 tokenizer.so
-r--r--r-- 1 root wheel 63158 Nov 13 2010 xml.so
-r--r--r-- 1 root wheel 44015 Nov 13 2010 xmlreader.so
-r--r--r-- 1 root wheel 59210 Nov 13 2010 xmlwriter.so
-r--r--r-- 1 root wheel 45523 Nov 13 2010 zlib.so
Observe que todos os arquivos estão presentes e podem ser lidos pelo mundo, e que pcre.so não está presente.
Finalmente, note que tenho uma memória fraca da ordem em extensions.ini sendo significativa, pois carregá-los na ordem errada pode resultar em falhas na carga do módulo. Embora atualmente seus sintomas não pareçam indicar que isso é um problema, você deve tomar cuidado para não reordenar as linhas em extensions.ini desnecessariamente.
Se você publicar o conteúdo do seu arquivo extensions.ini e uma longa listagem ( ls -la ) do diretório de extensões, talvez eu possa ajudar mais. Eu recomendo ordenar suas extensões ordenadas, e então se seu problema de MySQL permanecer, nós podemos resolver isso.