Para resolver isso, mudei a localização do diretório mysql tmp em /etc/mysql/my.cnf e reiniciei o mysql. Tudo está bem agora.
Um erro interessante no mysql apareceu em um site do ExpressionEngine que estou executando recentemente. Ao tentar acessar o painel de controle do administrador, recebo o seguinte erro do mysql:
Error Number: 126
Incorrect key file for table '/tmp/#sql_XXX_XX.MYI'; try to repair it
É um VPS e tenho acesso root. Confusamente, parece não haver nenhum arquivo no diretório / tmp /. Um pouco de googling me mostrou que poderia ser um problema com espaço nesta partição, mas a pasta tmp está quase vazia (apenas alguns k) e estou com uma pequena perda sobre o que fazer a seguir. Reparar a mesa disse também não deu alegria.
Essa tabela pode ser excluída. É uma tabela temporária e provavelmente é muito antiga agora (um minuto). / tmp estava provavelmente cheio no momento em que a tabela estava sendo feita, especialmente se outros aplicativos estivessem gravando em / tmp também.
Verifique se o seu provedor de hospedagem configurou outro disco dentro do VPS e, em seguida, configure a variável tmpdir do MySQL para apontar para esse novo disco.