Você não pode configurar um subdomínio para o aplicativo principal? Algo como www2.example.com (ou remover subdomínios completamente e tê-lo em apenas example.com), em seguida, basta colocar um redirecionamento da raiz do site para o novo subdomínio? Se você fizer o redirecionamento usando o .htaccess, poderá redirecionar tudo, exceto scripts para o novo servidor.
O arquivo .htaccess seria algo como isto:
RewriteEngine no
RewriteCond $ 1! ^ Scripts
RewriteRule (. *) link $ 1 [R = 301, L]
O código 301 acima especifica que o redirecionamento é permanente; motores de busca vão gostar disso, se você está preocupado em perder ranking. Além disso, esse código deve redirecionar os usuários para a página equivalente no novo URL, para que os indicadores e outros links para as páginas do URL antigo ainda funcionem. (Teste primeiro embora)