Pode ser possível obter um arquivo quebrado, especialmente se ele for muito grande. Se eles são realmente pequenos (algumas linhas), não é muito provável. Você tem que pensar sobre o que acontece se você lê-lo enquanto um novo está sendo carregado, ou se algo interrompe o upload.
Uma maneira de lidar com esse tipo de coisa é fazer o upload do arquivo para um nome temporário e, em seguida, renomeá-lo para substituir o real. Dessa forma, o real nunca é incompleto.
Embora você possa fazer isso com o cliente, é um pouco inconveniente se os envios forem manuais. (ótimo se eles são automáticos embora).
No entanto, alguns servidores FTP cuidarão disso para você.
Por exemplo, o ProFTPD tem a opção de configuração HiddenStores:
O NcFTPd tem algo parecido:
Dê uma olhada no manual para qualquer servidor FTP que você esteja usando.