Eu migrei os servidores Stock CentOS para o Zend Server CE antes. Eu fiz o que você descreveu e removi o apache / PHP do servidor através do yum e, em seguida, instalei o Zend Server CE. Eu então reconfigurei qualquer uma das opções erradas / incorretas do PHP e instalei quaisquer módulos PECL. Foi muito melhor do que o esperado.