Estes tempos limite dos comandos são definidos por código, por isso, se você não tiver a fonte, não terá sorte em removê-la.
O que você deve fazer é colocar um rastreamento do SQL Profiler em uma sessão e descobrir exatamente o que está causando a consulta de longa duração. Você provavelmente será capaz de encontrar algo que não está certo no lado do banco de dados (índices ausentes, más junções, etc).