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Você pode postar o perfil do jMeter - dependendo da configuração do cookie, você encontrará resultados diferentes do FPC do EE
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Além disso, como você configurou seu back-end de cache para usar o File / Backend / DB / Memcache / Redis? link )
Ambos os pontos acima afetarão a freqüência e o tipo de consultas SQL que estão sendo executadas. Mas eu não confiaria apenas no FPC - especialmente quando benchmarking. Faz muito mais sentido desabilitar o FPC, mas deixar os caches restantes habilitados, para não distorcer o seu benchmarking.