É maciçamente mais lento.
O fcgiext.dll executa o suplemento FastCGI para o IIS, que mantém um conjunto de processos PHP-CGI "quentes" (ou seja, em execução) e, em seguida, alimenta as solicitações por meio deles sequencialmente.
Com a outra configuração, para cada solicitação, um único processo é iniciado (o que não é rápido), processa esse pedido e termina.
A inicialização do processo é demorada no Windows; O FastCGI amortiza o custo da inicialização / desligamento do processo executando alguns paralelamente, enviando muitas solicitações através deles e, em seguida, finalizando-os a cada (acho que seja algo como) 1.000 solicitações (configuráveis).
Procure o FastCGI no IIS6 para obter mais informações.