Eu sei que esta é uma resposta / idéia muito rudimentar, mas você já tentou "pular" os dois servidores que estão tendo problemas? O que quero dizer é, removê-los do domínio para um grupo de trabalho, reiniciar, colocá-los de volta no domínio, reiniciar? Se você tem ~ 40 servidores no ambiente A que estão funcionando perfeitamente com as estações de trabalho em B, então eu não consideraria futzing com grandes alterações de configuração até que você precise.