Você não pode ter dois bancos de dados em uma única instância LDAP configurada para o mesmo DN base ( ou=People,dc=example,dc=org ). A única maneira de conseguir isso é executar duas instâncias LDAP separadas em seu sistema - o que obviamente exigirá executá-las (a) em duas portas separadas ou (b) ligadas a dois endereços IP distintos. Seu caso de uso é um pouco estranho e, se você puder nos fornecer alguns dos requisitos subjacentes, poderemos fornecer uma resposta melhor.
Você pode compartilhar a maioria de sua configuração entre as duas instâncias, embora, obviamente, você precise de diferentes diretórios de banco de dados para cada instância. Provavelmente, você pode tornar sua vida mais fácil colocando opções de configuração comuns em um arquivo e usando a diretiva include para usar essas configurações por instância.