É possível que seus DCs locais não estejam respondendo rápido o suficiente. Tente executar o KCC, dcdiag, netdiag, nltest em seus DCs locais e veja se algo está ruim.
Também é possível que a configuração de Sites e Sub-redes não esteja correta, o que poderia causar o que você está vendo. Você diz que acha que eles estão corretos; desde que nós não podemos ver isto, eu não pude dizer.
Editar - Spiff chega ao ponto. As sub-redes que contêm os clientes do HQ devem estar associadas ao site que também está associado à (s) sub-rede (s) que contêm os DCs do HQ. Se eles estão na mesma sub-rede, então há algo estranho acontecendo.