O que eu faço em situações como esta é um simples copiar e colar dentro de applicationHost.config. Você pode duplicar três seções: applicationPools (para o seu site), sites (para o seu site) e potencialmente uma tag de localização na parte inferior do site. Apenas certifique-se de dar a eles nomes e identificações exclusivas e ligações. Backup applicationHost.config primeiro.
As semanas 18 e 19 de esta série também devem ser úteis para você.
É possível usar o Web Deploy (que é o que o aplicativo de backup é construído), mas apenas copiar as configurações do IIS, você precisa fazê-lo a partir da linha de comando e não é excessivamente intuitivo, então se você é apenas fazendo isso uma ou duas vezes, applicationHost.config é o caminho a percorrer.