verifique a variável extensions_path no seu arquivo php.ini. Isso define onde o php irá procurar por extensões. O Gentoo pode requerer que você modifique um dos arquivos include
Esta é uma situação muito estranha que estou recebendo.
Eu instalei o apc (com ./configure e make ) no meu gentoo LAMP com o PHP 5.2.
Para obter o apc carregado, preciso colocar apc.so no meu diretório www php, senão ele não será carregado.
Eu nem faço idéia disso, se você tiver apenas algumas dicas, por favor poste uma resposta.
Se você precisar da série completa de comandos, clique aqui: Falha ao instalar o APC?
A melhor coisa a fazer seria remover todo o trabalho que você fez manualmente no seu sistema Gentoo, e instalar o Apache, PHP e APC através do Gentoo: usando o Portage.