Se website1.com , website2.com , ... e assim por diante não forem membros do lighttpd grupo e você definir as permissões com chown u+rwx,g+rX,g-w,o-rwx (portanto, as permissões dos arquivos serão rwxr----- e os diretórios rwxr-x--- ) usuários de cada vhost não poderão acessar arquivos uns dos outros.