Se website1.com
, website2.com
, ... e assim por diante não forem membros do lighttpd
grupo e você definir as permissões com chown u+rwx,g+rX,g-w,o-rwx
(portanto, as permissões dos arquivos serão rwxr-----
e os diretórios rwxr-x---
) usuários de cada vhost não poderão acessar arquivos uns dos outros.