Eu encontrei uma pergunta semelhante que fornece a resposta Como eu executo um comando usando o executor do gerenciador de contêineres da libertina
libertine-container-manager exec -c "tool"
Isso funciona para aplicativos instalados no contêiner puritine padrão. Se você quiser usar algo que tenha instalado em um contêiner criado por você mesmo, precisará especificar isso:
libertine-container-manager exec -c "tool" -i your_container