as configurações que você pode querer ajustar são:
NtfsDisable8dot3NameCreation (1), NtfsDisableLastAccessUpdate (1), NtfsMftZoneReservation (4)
A reserva da zona deve ser definida após ou antes da formatação do disco
Todas essas chaves estão em HKLM / SYSTEM / CurrentControlSet / Control / FileSystem
Dito isto, desde que esteja executando o 2008 r2, você deve estar preparado com os padrões, já que muitas dessas operações "extras" serão armazenadas em cache de qualquer maneira.
Gostaria de dar uma olhada em Diretrizes de ajuste de desempenho do Windows Server 2008 R2 para melhorar o desempenho do servidor de arquivos.