Quando você gerou seu par de chaves, você deve ter salvo sua chave privada em sua máquina local. Feito isso, você SSH para sua instância remota usando o seguinte comando:
ssh -i <path to private key file> ubuntu@<host>
Seu < host > será a entrada listada ao lado de 'DNS público' no site do EC2. Será algo parecido com 'ec2-00-00-00-00.compute-X.amazonaws.com'