Eu usei para criar um script bash como este para realizar essa tarefa - então, basta chamá-lo do cron:
#!/usr/bin/env
apt-get update
apt-get upgrade -qq
Honestamente, usei -d -q (download apenas) para baixar as atualizações no meu servidor de teste no meio da noite. Eu então os testaria quando chegasse ao escritório e os colocaria em nosso servidor interno apt-proxy.