Realmente não importa onde você os coloque por tanto tempo que o IIS possa acessá-los. Colocá-los na pasta Arquivos de Programas está perfeitamente bem. É provavelmente mais comum, no entanto, colocar os arquivos em uma pasta sob a raiz doc do IIS.
Em uma nota lateral, como administrador do sistema, eu gosto de ter a opção de especificar onde instalar as coisas, então se você escrever um instalador para isso, você deve permitir essa opção durante a instalação.