O Apache é perfeitamente capaz de fazer o que você está pedindo, no entanto, o RewriteBase diretiva não é a maneira prescrita de alcançar os resultados desejados.
Você tem duas opções:
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Em vez de usar RewriteBase, basta especificar o caminho base em suas declarações
RewriteRule
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Crie declarações separadas NameVirtualhost em vez de confiar em um resumo