Eu nunca tentei antes desse jeito. Não seria mais fácil remover todos os aplicativos, sites e conjuntos de sites existentes do servidor clonado (não de produção)?
Depois de remover todos os dados do SharePoint, crie um novo aplicativo (sem o conjunto de sites). Em seguida, use stsadm para fazer backup de tudo, desde o productionserver e importá-lo para o servidor de teste.
Acho que seria muito mais fácil assim.
Mais informações sobre stsadm: link