Você pode usar o PDFShuffler.
Instale-o através do Ubuntu Software Center: pdfshuffler
Ou via terminal:
sudo apt-get install pdfshuffler
Como mostrado na imagem, você só precisa importar o arquivo PDF que deseja manipular e arrastar & amp; Solte as páginas na ordem desejada. Também permite girar as páginas em ângulos ortogonais.
Você pode salvá-lo no mesmo arquivo ou exportá-lo como um arquivo PDF diferente.