Parece que ele pode ser definido manualmente, mas a Microsoft está apenas expondo-o por meio de opções de soquete. O que significa que aplicativos específicos que abrem soquetes podem configurá-lo, mas você não pode configurá-lo em um adaptador como costumávamos fazer com o Server 2000/2003.
Uma grande dica sobre um dos erros do "analisador de melhores práticas". Aparentemente, o TcpReceiveSize é ignorado pelo 2008R2.
Lá embaixo, no final do documento, há uma seção sobre como fazer alguns testes de TCP com o Server 2008. Eles usam um utilitário específico, NTttcp, para fazer benchmarking. Uma das opções dessa ferramenta é definir as opções de tamanho da janela.
Para o IIS, você pode definir uma chave do Registro para informar que use um valor diferente para isso ( link ). Eu não sei se isso funciona para o IIS7 ou não.