Para instalar o Linux no Hyper-V, basta instalar um sistema operacional como você faria em qualquer outra máquina. Crie a VM, monte o ISO e instale-o. Eles vão todos trabalhar. A única questão é se você deseja ou não esclarecimentos do Hyper-V para sua VM.
Qualquer distribuição do Linux com uma versão de kernel de 2.6.35 ou superior terá a edição mais recente dos componentes de integração do Hyper-V. Você pode precisar adicionar esses módulos ao seu convidado, e como você o fará dependerá de qual distribuição você usa.
Os módulos do kernel do Hyper-V que estão na maioria das distros são: hv_vmbus hv_storvsc hv_blkvsc hv_netvsc, adicionalmente você pode ter hv_utils e hv_timesource, que são adições recentes.