Se esse é exatamente o registro do seu arquivo de zona, você está perdendo o tipo de registro e, possivelmente, o TTL.
A maneira correta seria:
subdmn1.mymaindomain.com. 86400 IN A 1.2.3.5
Pode ser possível pular o TTL - nunca tentei isso no nsd.
Se isto ainda não resolver o seu problema, dê uma olhada nos logs do nsd. Note que você não precisa reiniciar para recarregar as zonas, você pode usar nsdc reload
após o nsdc rebuild
.
Além disso, supondo que esse registro esteja na zona mymaindomain.com.
, você poderia encurtar subdmn1.mymaindomain.com.
para subdmn1
(observe a falta de um ponto à direita).