Se as imagens da VM estiverem em um VG separado, tudo o que você precisa fazer é evitar formatá-lo ao reinstalar - vá para o particionamento manual e verifique se o VG de "virtualização" não foi tocado
O que você precisa preservar são as configurações da VM, porque além da imagem há todos os dados de configuração - geralmente em /etc/libvirt/qemu/guestname.xml