Você está usando o mod_fcgid? Se assim for, não faça. O mod_fcgid não suporta o recurso de geração de filhos do PHP, então ele gerará um novo PHP se houver vários pedidos, e cada PHP gerado pelo mod_fcgid terá seu próprio cache de opcode (junto com um monte de filhos inúteis se você os habilitar no PHP script wrapper).
Se você estiver usando mod_fastcgi, então você precisará verificar se o mod_fastcgi está apenas iniciando um processo PHP, e que um processo PHP está iniciando um número suficiente de filhos para lidar com sua carga. Esta postagem no blog é um bom resumo de tudo, embora seja especificamente para usar o suexec e obter separar processos fastcgi para cada usuário, você precisará ajustá-lo para obter um processo fastcgi para o servidor inteiro, se é isso que você quer.
Se você estiver usando o mod_php5, deve Just Work, já que o cache APC é criado pelo apache.
Se você estiver usando o CGI sem o mod_fastcgi / fcgid, o seu executável do PHP sairá após cada solicitação, levando o seu cache opcode com ele.