Sempre haverá uma instância de cronolog
para cada arquivo de log aberto. Uma solução é aqui: link Sugere apenas adicionar o nome do vhost ao arquivo de log e depois dividi-lo em arquivos separados, se necessário.
Outra solução possível que você sugeriu: escreva seu próprio programa / script que dividirá o registro em logs por vhost. Também pode ser uma boa idéia enviar tudo para o syslog e executar o programa de divisão no host syslog. Desta forma, o apache manterá aberto apenas um descritor de arquivo para cada tipo de log. Naturalmente, haverá alguma sobrecarga, mas o apache não ficará sem limite de descritores de arquivo.