Você deve lsof ou netstat verificar se o processo está escutando na porta 3306 na interface correta (ele está ligado apenas a 127.0.0.1 ou está vinculado aos hosts ip ou *). Você também deve verificar quantos arquivos o processo abriu (você pode estar correndo para um ulimit). Você também deve se certificar de que nada mudou com as regras do iptables para fazer com que ele seja bloqueado (embora, a menos que você esteja usando alguns módulos avançados, a reformulação de módulos não teria ajudado). Certifique-se também de que não esteja usando algo que possa estar atualizando as regras do tcp wrappers como negar hosts (verifique /etc/hosts.* - embora, mais uma vez, isso provavelmente não tenha sido corrigido por uma reinicialização). A próxima vez que isso acontecer acione o wireshark no servidor myswl e no servidor de aplicativos e filtre na porta 3306 enquanto tenta se conectar ao mysql pela rede.