Aqui está o que acabei fazendo (submetendo a resposta à minha própria pergunta para ajudar o bem maior, espero):
Use diskpart.exe com os seguintes comandos em um arquivo de texto:
create vdisk file=E:\Temp\RawDisk03R2_amd6403_R2_amd64.vhd maximum=10000 type=expandable
select vdisk file=E:\Temp\RawDisk03R2_amd6403_R2_amd64.vhd
attach vdisk
create partition primary
assign letter=v
format fs=ntfs quick label=vhd
active
exit
Em seguida, usei a opção / apply off do imagex.exe para aplicar o arquivo WIM a esse volume lógico:
imagex.exe /apply 2003_R2_amd64.WIM 1 V:\
Em seguida, use o bootsect.exe (servidor 2003) ou o bcdboot.exe (servidor 2008 e 2008 R2). Este exemplo é para 2003:
"C:\Program Files\Windows AIK\Tools\PETools\amd64\bootsect.exe" /NT52 V:
Em seguida, executei diskpart.exe novamente com esses comandos em um arquivo de texto:
select vdisk file=E:\Temp\RawDisk03R2_amd6403_R2_amd64.vhd
detach vdisk
Em seguida, executamos um código VHD caseiro para VMDK e tudo está bem. Eu suspeito que você pode pegar esse VHD e convertê-lo usando ferramentas padrão também.
Espero que isso ajude o bem maior.