Eu escutaria seus colegas de quarto. Configure as novas unidades no RAID 1 e crie um ponto de montagem (/ data, por exemplo) para montá-lo. Copie seus bancos de dados para a nova partição e ajuste seu my.cnf para apontar para o novo datadir.
O principal benefício desta configuração é que você tem seu sistema operacional e seu banco de dados / mídia em eixos separados para que você não tenha contenção de disco. Isso significa melhor desempenho de I / O quando seu servidor está ocupado.
Um bom benefício é que você pode trocar a unidade do SO por outro disco quando estiver executando uma atualização. Se algo der errado, basta conectar sua unidade antiga e voltar ao trabalho.