O bcp não tem muito tratamento de erros sofisticado para situações como esta.
Eu acho que suas alternativas são:
Remova a linha duplicada do seu csv.
Escreva um pacote DTS / SSIS que permita um tratamento de erros mais sofisticado.
bcp em uma tabela temporária e use t-sql para inserir do temporário para o live, usando uma junção esquerda para verificar a existência da linha. Algo como:
insert into TableName
(column1, column2, ...)
select t1.column1, t1.column2, ...
from TempTableName t1
left join TableName t2
on t1.primarykey = t2.primarykey
where t2.primarykey is null /* row does not already exist */