Existe algum motivo para você não estar usando scp ? Dado que você tem acesso root na máquina unix, parece que você deve ser capaz de passar por cima de qualquer coisa. Você deve ser capaz de enviar ssh para a caixa unix, emitir o comando:
tar --exclude=/sys --exclude=/dev --exclude=/proc -cjvvf - / > ~/file.tar.bz2
Em seguida, na caixa do windows, use:
scp root@someServer:~/file.tar.bz2 .
(password prompt)