A razão pela qual fiz as perguntas que fiz abaixo da sua pergunta original é porque senti que sua pergunta pode ter sido formulada incorretamente. Parece que você precisa de uma maneira melhor de arquivar e-mails do que você está fazendo atualmente. Uma vez que você tenha feito isso, as respostas automáticas não importam, porque elas não levam em consideração sua situação de arquivamento.
Não tenho certeza de como você conseguiria isso em um ambiente hospedado do Exchange, mas usamos o GFI MailArchiver em nosso ambiente (não hospedado). Eu diria que a maioria das contas de troca hospedadas oferece esses serviços para estar em conformidade com o e-discovery e a conformidade de e-mail.
Talvez você receba uma resposta mais precisa se fornecer o nome do serviço que está usando.