Não há nada para salvar, "Inicialização / Desligamento da Máquina Virtual" é imediatamente aplicado assim que você configurá-lo e não precisa de uma reinicialização do servidor para funcionar.
O problema aqui é que o seu host ESXi não foi desligado corretamente, por isso não foi possível salvar sua configuração; mas, desde que o sistema seja desligado ou reinicializado de maneira limpa, você não precisa fazer absolutamente nada para tornar suas alterações de configuração permanentes.
Atualização:
Se você realmente deseja forçar o ESX a salvar sua configuração, isso deve ajudar:
/usr/sbin/esxcfg-boot -r
É o comando que é executado no encerramento / reinicialização do ESX para salvar a configuração do sistema, de modo que deve fazer o que você está procurando.
Mas você está usando o ESXi, portanto não tem acesso ao Service Console ... ele pode ser obtido (consulte aqui ), mas não sei se esse comando existe no ESXi.