Esta NÃO é uma abordagem aconselhável, devido a preocupações de segurança ...
Mas, se você conceder permissões de leitura para o serviço que está executando o appcmd para o arquivo applicationHost.config localizado no diretório %windir%\system32\inetsrv\config , você poderá executar um arquivo .bat com appcmd de comandos dentro dele do CruiseControl (pelo menos no meu caso).
Eu fiz isso em um servidor de compilação do Windows Server 2008.