Eu usaria rsync e armazenaria como arquivos simples; Se você não precisa de indexação, não há necessidade de um banco de dados. Dessa forma, quando você precisar adicionar mais dados ao que está lá, não será necessário enviar o arquivo inteiro novamente.
Deve ser tão simples quanto rsync -avz source/dir/ remote:/path/to/dest/dir
, se o servidor remoto tiver SSH em execução; a manpage pode lhe dizer mais (tome cuidado com a barra de fechamento, eu posso te ajudar mais com isso se eu receber detalhes mais específicos se você quiser).