Essa pergunta "tipo de servidor" determina apenas como o arquivo de certificado baixado é formatado. Diferentes softwares (servidores, etc) esperam diferentes formatos para o arquivo de certificado. Infelizmente, a documentação do InspIRd não está clara sobre o formato esperado, mas acredito que seja o mesmo que o Apache. Se isso não funcionar, você sempre pode voltar ao Comodo e voltar a baixar o certificado em um formato diferente - há uma maneira bastante simples de fazer isso.