Uso:
WSGIScriptAlias /site1 /var/www/html/site1/django.wsgi
WSGIScriptAlias /site2 /var/www/html/site2/django.wsgi
<Directory /var/www/html/site1>
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
<Directory /var/www/html/site2>
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
Não há necessidade de escopo em uma diretiva Location.