A maioria destes não são erros , são avisos ou mensagens . Os problemas são, na maioria das vezes, pequenos erros de programação ou dependência de APIs obsoletas, etc.
Você não deve se preocupar com isso, desde que os aplicativos estejam funcionando conforme o esperado. A menos que você seja um desenvolvedor, claro.
No seu exemplo do Nautilus, no entanto, isso não é um problema real, o aviso informa que o usuário atual não possui uma sessão do D-Bus, o que é esperado, se você estiver executando como root. Não use sudo para executar aplicativos gráficos, use o PolicyKit:
pkexec nautilus